Regresó a la selección en la Copa Mundial de Fútbol de 2006, en la que formó parte del grupo E junto con Ghana, Italia y los Estados Unidos, siendo eliminados tras dos derrotas (2:0 ante Ghana; 2:0 ante Italia) y una victoria (3:0 sobre Estados Unidos), con Pavel Nedvěd de titular y oficiando como capitán en los tres encuentros. En la temporada 1999-00 la Lazio obtuvo la Supercopa de la UEFA al derrotar por 1:0 al Manchester United, con Nedvěd en el campo de juego hasta el minuto 66, momento en el cual fue sustituido por Simone Inzaghi.
